
En 1965 Hamilton lideraba el equipo que desarrollaba el software del sistema de a bordo de la nave espacial Apollo. Proyecto que inicialmente no era parte ni del presupuesto ni de los objetivos establecidos. Más tarde esto cambiaría y a mediados de 1968, eran ya más de 400 personas, trabajando en el software del Apollo. Este era el software que llevó el hombre a la luna en el Apollo 11. Hamilton cuenta cómo trabajaba día y noche y fines de semana sin parar, programando parte de dicho sistema, específicamente las rutinas de control de errores.
Cuenta la historia que tres minutos antes de que el Apollo aterrizara en la Luna, el ordenador de abordo empezó a lanzar mensajes de desbordamiento de procesos (executive overflows) y había que decidir si se continuaba o no con el aterrizaje lunar. Como todos sabemos la operación siguió en marcha y el aterrizaje se llevó a cabo con éxito. Según Hamilton, lo que el ordenador indicaba es que tenía muchos procesos que ejecutar y no podía hacerlo en tiempo real, por lo que el sistema avisaba de ello y empezaba a desechar los procesos con menor prioridad (el Apollo disponía de un sistema multitarea preventivo).
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